Fyens Stiftstidende er blevet udgivet i Odense siden 1772, da Christian Gormsen Biering fik kongeligt privilegium til at etablere et adressekontor med tilhørende bogtrykkeri. Indtil 1852 gik avisen under navnet ‘Kongelig Privilegerede Odense Adresse-Contoirs Efterretninger’, hvorefter den fik sit nuværende navn.
I begyndelsen var avisen ikke tilknyttet en ideologisk ideologi, men i stedet relativt frisindet. Den indeholdt primært oplysende læsning samt annoncer af forskellig karakter. Særligt under Odenses industrialisering samt følgende befolkningstilvækst formåede avisen at vokse. Dette skyldtes en øget interesse for nyheder fra lokalmiljøet samt annoncer.
Fra 1960 blev avisen dominerende i Odense, og i 1969 opkøbte avisen sin sidste konkurrent, Fyns Tidende, som blev drevet i 10 år, indtil den endeligt blev taget af markedet. I de 10 år udkom både Fyens Stiftstidende og Fyns Tidende med en fælles søndagsudgave, som gik under navnet Morgenposten.
I 1975 erklærede Fyens Stiftstidende sig som politisk uafhængig borgerlig. Fra 1993 er avisen udkommet som morgenavis, og bladet udgiver en række mindre aviser også – eksempelvis Kjerteminde Avis, som sidenhen er blevet lukket og startet som netavis uden nogen tilknytning til Fyens Stiftstidende.
I 2006 dannede Fyens Stiftstidende et fælles udgiverselskab i samarbejde med Fyns Amts Avis. Dette blev til Fynske Medier, hvis formål var at styrke begge aviser efter presset fra husstandsomdelte gratisaviser, der på daværende tidspunkt var med til at øge konkurrencesituationen på markedet.
1. januar 2015 blev Jysk Fynske Medier skabt som følge af en fusion mellem Jyske Medier, Fynske Medier og Syddanske Medier. I dag er Jysk Fynske Medier den næststørste mediekoncern i Danmark, og ejer Fyens Stiftstidende og andre regionalaviser i hele landet.